"Шмайссер" стал олицетворять образ немецкой военной машины. Это оружие стало символом немецкого блицкрига. Создавалось впечатление, что буквально вся немецкая армия была вооружена MP-40. В действительности это было не так, MP-40 вооружались только фронтовые части, да и в них он не являлся основным огнестрельным оружием. На 10 миллионов винтовок Маузера приходилось лишь чуть более одного миллиона пистолетов-пулемётов MP-40.
Для удешевления производства при изготовлении цевья была применена пластмасса (бакелит), а рама пистолетной рукоятки была изготовлена из алюминия. Одной из особенностей нового варианта был также довольно низкий темп стрельбы и плавная работа автоматики, что повысило точность стрельбы и управляемость оружия (в перерывах между выстрелами стрелок успевал вернуть оружие на линию прицеливания), но оказалось недостатком при ведении войны на советской территории. Суровые морозы оказались для МР-40 значительным испытанием. Невысокий темп стрельбы и малые зазоры между трущимися деталями приводили к загустеванию оружейной смазки при отрицательной температуре. Возникала необходимость использовать специальную зимнюю смазку, устойчивую к морозу.
Вопреки мнению, сформированному кинофильмами, где немецкие солдаты "поливают" из МР-40 непрерывным огнём от бедра, огонь вёлся прицельно короткими очередями по 3-4 выстрела с упором разложенного приклада в плечо. МР-40 вооружали в основном командиров отделений, экипажи танков и бронемашин, а также ВДВ.
К началу войны было изготовлено всего четверть миллиона единиц МР-40. С января 1940 по декабрь 1941 года вооружённым силам в общей сложности было поставлено 464 144 пистолетов-пулемётов.
MP-40 во время войны активно использовался партизанами во всех странах, главным образом из-за минимальных затруднений в снабжении боеприпасами. Ценился в Красной Армии за точность и надёжность. Активно использовался разведчиками-диверсантами и отрядами особого назначения, так как MP-40 был гораздо легче, чем советский ППШ или ППД.