Лично руководил "нападением" на радиостанцию в Гляйвице, послужившим предлогом к началу Второй мировой войны. Встретил войну с СССР в 41 год. С тех пор не знал отдыха и сна. Истинный трудоголик, никогда не бравший выходных.
По одной из версий группенфюрер СС Генрих Мюллер покончил жизнь самоубийством в здании Рейхсканцелярии. Последний раз его видели в бункере Гитлера 27 апреля 1945 года. Позже союзная администрация распорядилась вскрыть все могилы в центре Берлина и перезахоронить трупы. На территории Имперского министерства авиации в отдельной могиле был обнаружен труп в форме группенфюрера СС, а в нагрудном кармане было найдено удостоверение на имя Генриха Мюллера. Тело было перезахоронено на кладбище Гроссгамбургштрассе. Однако эксгумация трупа, произведённая 25 сентября 1963 года, не дала подтверждения смерти шефа Гестапо. Было установлено, что останки принадлежат как минимум трём лицам. Существует ряд версий по поводу исчезновения Мюллера. Вальтер Шелленберг, например, заявлял, что Мюллер ещё во время войны установил связь с советской разведкой и после войны скрывается в СССР. Согласно этой версии, Мюллер умер в Москве в 1948 году.
В 1990-е годы в США были опубликованы "Вербовочные беседы" и "Дневники" Мюллера, которые, однако, многие специалисты считают апокрифами. Согласно ещё одной версии, Мюллер был действительно завербован ЦРУ, в дальнейшем жил в США и умер в Калифорнии в 1982 году.